Phi Sigma Alpha es mejor entendida como dos historias entrelazadas: una comienza localmente el 22 de octubre de 1928 en la UPR, y la otra se extiende al movimiento estudiantil panamericano que comenzó en 1898.
Se organiza la Unión Hispano Americana en el Rensselaer Polytechnic Institute en Troy, Nueva York — la primera asociación de estudiantes latinoamericanos fundada en Estados Unidos. Aquí comienza el linaje que Phi Sigma Alpha reclama como propio.
Se funda la Sociedad Hispano-Americana en Louisiana State University, que luego se convertiría en Sigma Iota.
Sigma Iota adopta forma de letras griegas y se convierte en una importante red de fraternidades basada en Latinoamérica.
Phi Lambda Alpha emerge en la University of California, Berkeley. En 1921, UHA, Pi Delta Phi y Phi Lambda Alpha se consolidan bajo el nombre Phi Lambda Alpha.
Sigma Delta Alpha, o Sociedad de Amigos, es organizada por trece miembros fundadores — incluyendo al profesor de derecho Santos P. Amadeo — en la Glorieta Fabián de la Universidad de Puerto Rico, Río Piedras, a las 4:00 p.m. Para el 5 de diciembre de 1928 ya se había establecido la primera casa capitular.
Se establece el Capítulo Beta en el Colegio de Mayagüez (hoy UPR Mayagüez), marcando la primera expansión de la hermandad.
Phi Lambda Alpha y Sigma Iota se unen el 26 de diciembre de 1931 para crear Phi Iota Alpha, consolidando el movimiento fraternal panamericano.
Se organiza el capítulo militante Alpha Boriquén de Phi Iota Alpha en San Juan por ex miembros de Phi Iota Alpha.
Sigma Delta Alpha y Alpha Boriquén se fusionan para crear la zona Phi Sigma Alpha dentro de la Unión Latino Americana (ULA). La fusión fue difícil — algunos miembros de Sigma Delta Alpha resistieron cambiar una organización con su propia historia.
La ULA celebra su última convención el 7-8 de enero de 1938. La zona de Puerto Rico rechaza la introducción de requisitos políticos en asuntos fraternales y se retira el 25 de septiembre de 1938. La ULA se disuelve poco después.
Phi Sigma Alpha y Sigma Iota Alpha de Louisiana se organizan como Fraternidad Sigma en convención en la UPR, con una zona Phi Sigma Alpha en Puerto Rico y una zona Sigma Iota Alpha en Louisiana.
Se organiza el capítulo Beta de la zona estadounidense en Baltimore, atrayendo estudiantes de Georgetown, Maryland, Johns Hopkins, George Washington y la University of Baltimore.
En noviembre, representantes de Phi Eta Mu, Phi Sigma Alpha y Nu Sigma Beta fundan el Concilio Interfraternitario de Puerto Rico en la casa club de Nu Sigma Beta en Cupey Alto, Río Piedras.
Phi Sigma Alpha prohíbe la paleta de compromisarios y la violencia en los procesos de iniciación, enfatizando la protección de la dignidad física y mental de los candidatos.
Se abole el modelo de zonas y se establece la moderna Fraternidad Phi Sigma Alpha, compuesta por capítulos activos y militantes en Puerto Rico, Estados Unidos y el extranjero.
El 24 de septiembre de 2024, Phi Sigma Alpha entrega una donación de $80,000 a Proyecto Matria para apoyar el trabajo contra la violencia de género, incluyendo programación de asistencia en desastres.
El 5 de abril de 2025, se inaugura Casa Sigma Mayagüez en el restaurado edificio histórico Tienda-Almacén Siempreviva, designado en el Registro de Sitios Históricos de Puerto Rico desde 2004. El 5 de diciembre, José Antonio Soto Cintrón toma posesión como presidente con enfoque en preparar el centenario.
El año del centenario de la fraternidad, contando desde la fundación de Sigma Delta Alpha el 22 de octubre de 1928. Phi Sigma Alpha se proyecta hacia su segundo siglo con una visión renovada.
Organizaron Sigma Delta Alpha en la Glorieta Fabián de la Universidad de Puerto Rico, Río Piedras.
"Omne Rarum Carum"
Lo que es raro es precioso